Pro strukturální zobrazení mozku a míchy využíváme v dnešní době předvším počítačovou tomografii (CT) a magnetickou rezonanci (MRI).
CT
Výhodou CT je rychlost, nižší cena a snadná dostupnost metody. Nevýhodou je horší rozlišovací schopnost ve srovnání s magnetickou rezonancí a především rentgenové záření v nezanedbatelné dávce, kterému pacienta vystavíme.
MRI
Magnetická rezonance má oproti CT lepší rozlišovací schopnost a žádné prokazatelné negativní účinky na organizmus. Mezi její nevýhody patří délka vyšetření (pacient musí až desítky minut vydržet bez hnutí), vyšší cena a horší dostupnost a také indikační omezení – jelikož se jedná o silný magnet, nelze magnetickou rezonanci využít u pacientů s kovovými předměty v těle (např. kardiostimulátor).
EEG
EEG je základní funkční zobrazovací metodou využívanou zejména v neurologii. Umožňuje nespecificky vyšetřit funkci mozkové kůry, je neinvazivní a dobře dostupné. Nevýhodou je malá vypovídací hodnota s výjimkou epileptických stavů – zde je EEG základní vyšetřovací metodou.
Další metody
Zejména pro účely výzkumu se v dnešní době používá cela řada dalších metod, například funkční zobrazení mozku pomocí PET, fMRI či magnetoencefalografie. Využití těchto metod v klinické praxi je omezené.